波士頓兒童醫(yī)院F. M. Kirby神經(jīng)生物學(xué)中心主管Michael E.Greenberg博士實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員-Jesse M.Gray博士曾使用過(guò)SOLiD小分子RNA表達(dá)試劑盒以及多重技術(shù)來(lái)探究與神經(jīng)細(xì)胞激活相對(duì)應(yīng)的基因表達(dá)變化。他相信SOLiD技術(shù)的內(nèi)在可擴(kuò)展性和靈敏度是許多測(cè)序相關(guān)和標(biāo)簽計(jì)算應(yīng)用的之處。

   Gray博士表示：“1萬(wàn)美元基因組代表了測(cè)序計(jì)劃中每個(gè)堿基費(fèi)用的又一個(gè)顯著降低。測(cè)序費(fèi)用的降低將使我們?cè)谘芯恐心苁占嗟膶?shí)驗(yàn)時(shí)間點(diǎn)，進(jìn)行更多的實(shí)驗(yàn)。這種費(fèi)用的顯著降低還能使所有類型的測(cè)序?qū)嶒?yàn)通量增高，而不僅僅是人類基因組。”

降低測(cè)序應(yīng)用的費(fèi)用

    SOLiD3系統(tǒng)具有許多特性能幫助研究人員大大減低測(cè)序項(xiàng)目的費(fèi)用，并提高其在各種應(yīng)用中的產(chǎn)出，如系統(tǒng)結(jié)構(gòu)的升級(jí)、精簡(jiǎn)的實(shí)驗(yàn)流程和多重能力。總而言之，這些費(fèi)用降低和生產(chǎn)力特性共同作用，有望顯著降低獲得充分覆蓋人類和其他物種基因組的測(cè)序所需的時(shí)間和資源。

系統(tǒng)結(jié)構(gòu)支持行業(yè)高通量的測(cè)序平臺(tái)

    SOLiD3系統(tǒng)開(kāi)放玻片式的結(jié)構(gòu)使用包含DNA樣品的微珠來(lái)輸入基因組信息。這些微珠添加到玻片上，并由系統(tǒng)進(jìn)行分析。這個(gè)新平臺(tái)支持每塊玻片上高密度的微珠富集，每次運(yùn)行能產(chǎn)生高達(dá)20GB可定位的測(cè)序數(shù)據(jù)。開(kāi)放式玻片形式、微珠富集、以及軟件算法的結(jié)合，能使平臺(tái)升級(jí)到更高的通量，而無(wú)需對(duì)基礎(chǔ)技術(shù)做重大改變。平臺(tái)的內(nèi)在可擴(kuò)展性，每次運(yùn)行能測(cè)序更高密度的DNA樣品，使得單次運(yùn)行就能獲得人類全基因組的約7倍覆蓋度的數(shù)據(jù)。系統(tǒng)結(jié)構(gòu)的改進(jìn)加上全新強(qiáng)大的計(jì)算集群、更簡(jiǎn)單的玻片上樣、優(yōu)化的試劑、讀長(zhǎng)提高至50bp以上，造就這個(gè)了測(cè)序成本更低和應(yīng)用于定向重測(cè)序的平臺(tái)。

精簡(jiǎn)的實(shí)驗(yàn)流程縮短了結(jié)果所需時(shí)間

   測(cè)序應(yīng)用中實(shí)驗(yàn)流程的簡(jiǎn)化和改進(jìn)縮短了從樣品中獲得數(shù)據(jù)所需的時(shí)間，節(jié)省了勞動(dòng)力并降低了試劑費(fèi)用。SOLiD3系統(tǒng)包括“無(wú)人式”自動(dòng)化，能實(shí)現(xiàn)長(zhǎng)達(dá)7天的無(wú)人值班運(yùn)行。這減少了技術(shù)員與平臺(tái)互動(dòng)的需要，提高了實(shí)驗(yàn)室的生產(chǎn)效率。系統(tǒng)的多重能力對(duì)重測(cè)序、小分子RNA表達(dá)和全轉(zhuǎn)錄本分析相當(dāng)有利，由于研究人員可以合并多個(gè)核酸片斷文庫(kù)從而減少乳滴PCR（emulsionPCR，emPCR）反應(yīng)的數(shù)量，因而有望顯著降低研究人員制備SOLiD3系統(tǒng)適用樣品所需的勞動(dòng)力和試劑費(fèi)用。這些合并的樣品隨后可以在單個(gè)反應(yīng)中測(cè)序。SOLiD3系統(tǒng)的高樣品和序列通量讓研究人員能在不同的玻片配置中采用每一個(gè)合并的標(biāo)記好的樣品組，使得單次測(cè)序反應(yīng)就能對(duì)多達(dá)256個(gè)樣品進(jìn)行測(cè)序。另外，預(yù)填充和預(yù)混合的試劑管減少了制備樣品所需的步驟?？偠灾?，這些技術(shù)改進(jìn)使研究人員能更快地將樣品轉(zhuǎn)變成可定位的序列數(shù)據(jù)，與該平臺(tái)的早期版本相比，運(yùn)行時(shí)間可降低達(dá)42%。

綜合的軟件包簡(jiǎn)化了數(shù)據(jù)分析

   系統(tǒng)軟件的優(yōu)化和數(shù)據(jù)分析軟件工具的開(kāi)發(fā)有望精簡(jiǎn)大量樣品的多基因組區(qū)域分析，并簡(jiǎn)化了生物學(xué)變異的探索研究。這些軟件改進(jìn)包括email通知、自動(dòng)離線分析、遠(yuǎn)程監(jiān)控和新應(yīng)用特定的分析工具將幫助研究人員更好地管理與基因組分析研究相關(guān)的數(shù)據(jù)。

運(yùn)用系統(tǒng)生物學(xué)方法來(lái)研究生物體的平臺(tái)

    憑借無(wú)可比擬的靈敏度，SOLiD3系統(tǒng)能讓研究人員采用系統(tǒng)生物學(xué)的方法來(lái)研究簡(jiǎn)單和復(fù)雜的生物體。系統(tǒng)生物學(xué)是將生物體作為一個(gè)基因、蛋白和生化反應(yīng)的整合且相互作用網(wǎng)絡(luò)來(lái)研究生物體的學(xué)科。在單個(gè)平臺(tái)上，研究人員應(yīng)用整體、中性假說(shuō)的方法來(lái)縱覽基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組、DNA的化學(xué)修飾集合的全貌。通過(guò)利用SOLiD3系統(tǒng)進(jìn)行這種系統(tǒng)生物學(xué)方法的研究，研究人員將可以檢測(cè)單個(gè)細(xì)胞中常見(jiàn)和新的信使RNA（mRNA），而不會(huì)出現(xiàn)像現(xiàn)有基于探針的微陣列技術(shù)那種對(duì)已知mRNA分子的偏向性。這個(gè)新平臺(tái)每次運(yùn)行能檢測(cè)4億多個(gè)序列標(biāo)簽，讓研究人員在一次運(yùn)行中就可以能縱覽約4倍小鼠或人的轉(zhuǎn)錄本，同時(shí)保持檢測(cè)每個(gè)細(xì)胞中單拷貝分子的靈敏度。

    Gray博士表示：“在這個(gè)意義上，SOLiD3和萬(wàn)元基因組將有助于科學(xué)家應(yīng)用該平臺(tái)以充分發(fā)揮基于測(cè)序的RNA表達(dá)分析比微陣列研究更加靈敏的先天優(yōu)勢(shì)。更令人振奮的是SOLiD3系統(tǒng)的閱讀片段更長(zhǎng)，這將使得在RNA表達(dá)分析實(shí)驗(yàn)中可以檢測(cè)出新的剪接形式?！?p>    加利福尼亞大學(xué)Santa Barbara分校神經(jīng)科學(xué)研究所的聯(lián)合主管Kenneth S.Kosik醫(yī)學(xué)博士正在研究microRNA表達(dá)如何調(diào)節(jié)細(xì)胞分化。Kosik博士相信SOLiD3系統(tǒng)將有助于他采用中性假說(shuō)的方法來(lái)研究非編碼RNA如何調(diào)節(jié)大腦功能，大腦腫瘤形成以及可能的神經(jīng)退化。

   Kosik博士表示：“在我們的研究中，快速而可靠地檢測(cè)包括非編碼RNA在內(nèi)的已知和新的RNA是非常重要的，這樣我們才能更深入地了解它們?cè)谏窠?jīng)可塑性和神經(jīng)退化損傷中所行駛的功能。像SOLiD3系統(tǒng)這樣的技術(shù)可以無(wú)偏向性的方式高靈敏度地檢測(cè)新或稀有轉(zhuǎn)錄本，為高樣品通量可擴(kuò)展性。這個(gè)方法將大大促進(jìn)我們對(duì)于非編碼RNA在調(diào)節(jié)基因表達(dá)和終的腦功能中作用的了解?！?p>擴(kuò)展支持多種基因組分析應(yīng)用

   研究人員已經(jīng)將SOLiD技術(shù)應(yīng)用到多種分析中，包括轉(zhuǎn)錄本分析、染色質(zhì)**沉淀、微生物測(cè)序等等。新的SOLiD3系統(tǒng)的改進(jìn)，包括閱讀片段更長(zhǎng)、新整合一個(gè)成像緩沖來(lái)提高信噪比，將使研究人員能利用該平臺(tái)對(duì)微生物基因組進(jìn)行從頭測(cè)序，對(duì)候選基因進(jìn)行重測(cè)序，沉默基因的甲基化圖譜分析以及生物樣品的數(shù)碼染色體核型分析等等。該系統(tǒng)的性，在雙堿基編碼時(shí)高于99.94%，可為從事遺傳變異研究的人員相比其他測(cè)序平臺(tái)來(lái)說(shuō)高的數(shù)據(jù)質(zhì)量。利用該系統(tǒng)進(jìn)行遺傳變異研究能使研究人員檢測(cè)到新的單堿基變化，即SNP，相比其他競(jìng)爭(zhēng)測(cè)序平臺(tái)而言所需的覆蓋度更低，而假陽(yáng)性的結(jié)果更少。

   應(yīng)用生物系統(tǒng)公司自1986年推出了市場(chǎng)上臺(tái)DNA自動(dòng)測(cè)序儀以來(lái)，不斷開(kāi)發(fā)DNA測(cè)序平臺(tái)。這標(biāo)志著該公司啟動(dòng)一個(gè)進(jìn)行中的承諾----不斷開(kāi)發(fā)DNA測(cè)序試劑、系統(tǒng)和分析工具以滿足科學(xué)界對(duì)于更高通量、更成熟完善的DNA測(cè)序方案的日益增長(zhǎng)的需求。今天，超過(guò)14000臺(tái)ABI的遺傳分析儀正活躍在研究和管理領(lǐng)域中發(fā)揮作用，輔助完成了450多個(gè)完整基因組的測(cè)序。

    應(yīng)用生物系統(tǒng)公司的總裁兼**運(yùn)營(yíng)官M(fèi)arkStevenson表示：“在過(guò)去不到20年的時(shí)間內(nèi)，應(yīng)用生物系統(tǒng)公司的測(cè)序技術(shù)已經(jīng)經(jīng)歷了三代的演變，從膠平板到毛細(xì)管電泳到新一代的測(cè)序，如今正的平臺(tái)，有望終加速個(gè)性化**的實(shí)現(xiàn)。有了我們新的SOLiD3系統(tǒng)，科學(xué)家們就能在幾星期的時(shí)間內(nèi)獲得比人類基因組計(jì)劃10年間更多的遺傳信息?！?p>關(guān)于SOLiD 3系統(tǒng)

    SOLiD3系統(tǒng)是生命科學(xué)領(lǐng)域從樣品到結(jié)果**的解決方案。這個(gè)平臺(tái)是基于寡核苷酸連接和檢測(cè)的測(cè)序。與聚合酶測(cè)序方法不同，這個(gè)平臺(tái)利用了的逐步連接技術(shù)，能在多種應(yīng)用中產(chǎn)生經(jīng)濟(jì)和準(zhǔn)確的可定位的測(cè)序數(shù)據(jù)。SOLiD3系統(tǒng)能夠在用戶實(shí)驗(yàn)室中每次運(yùn)行產(chǎn)生20GB可定位的測(cè)序數(shù)據(jù)，在ABI研發(fā)實(shí)驗(yàn)室中這個(gè)數(shù)據(jù)更超過(guò)25GB。SOLiD3系統(tǒng)由生命科學(xué)領(lǐng)域**的服務(wù)和支持機(jī)構(gòu)來(lái)支持，全球?qū)Ｂ毜膶I(yè)人員超過(guò)2000名，精通業(yè)務(wù)咨詢和操作步驟開(kāi)發(fā)、儀器優(yōu)化、數(shù)據(jù)和應(yīng)用整合。

    SOLiD 3系統(tǒng)可以從現(xiàn)有的平臺(tái)進(jìn)行升級(jí)，或作為一個(gè)單獨(dú)的儀器。如果需要SOLiD3升級(jí)，請(qǐng)聯(lián)系當(dāng)?shù)氐姆?wù)代理來(lái)安裝部件，如新的計(jì)算集群、自動(dòng)化部件和試劑冷卻硬件，及軟件。SOLiD3系統(tǒng)預(yù)計(jì)將在2009年初在全球上市。

關(guān)于美國(guó)應(yīng)用生物系統(tǒng)公司

   美國(guó)應(yīng)用生物系統(tǒng)公司（ABI）是為生命科學(xué)研究、工業(yè)和商業(yè)市場(chǎng)開(kāi)發(fā)和銷售儀器系統(tǒng)、耗材、軟件及服務(wù)的全球者。在堅(jiān)信科學(xué)的力量能改善人類環(huán)境的信念驅(qū)動(dòng)下，該公司推出了DNA、RNA、蛋白和小分子分析的**技術(shù)的商業(yè)化方案。各個(gè)學(xué)科的客戶如學(xué)術(shù)、臨床研究、制藥研究和生產(chǎn)、法醫(yī)DNA分析和農(nóng)業(yè)生物技術(shù)的客戶，利用該公司的工具和服務(wù)以加速科學(xué)探索的進(jìn)程，改善**研發(fā)的過(guò)程，檢測(cè)可能致病的微生物，通過(guò)DNA信息識(shí)別個(gè)人。ABI有著一個(gè)綜合的服務(wù)和應(yīng)用領(lǐng)域支持團(tuán)隊(duì)以支持全球范圍的高品質(zhì)遺傳及蛋白分析解決方案的安裝實(shí)施。ABI公司總部設(shè)在美國(guó)康涅狄格州的Norwalk。在2008年6月12日，Applera公司與Invitrogen公司宣布它們的董事會(huì)已經(jīng)批準(zhǔn)了合并協(xié)議，根據(jù)此項(xiàng)協(xié)議，Invitrogen將收購(gòu)ABI的所有已發(fā)行股票。這次合并受慣例成交條件的約束，預(yù)計(jì)在2008年秋季完成。

**關(guān)鍵詞：基因、測(cè)序

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